Entre os anos de 1998 e 1999, foram realizadas pesquisas arqueológicas para reconhecimento e salvamento do Sítio da Fazenda Villa Branca, de modo a verificar vestígios de aldeias antepassadas na porção central do sítio, que é onde se encontraria a primeira fase do loteamento.

Estas pesquisas foram feitas respeitando-se todas as documentações niecessárias, sendo inclusive publicadas no Diário Oficial da União. Os resultados foram enviados ao IPHAN (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional) e à Fundação Cultural de Jacarey, órgão municipal de gestão do patrimônio arqueológico.

Nele constava a presença de sete fundos de cabanas tupi-guarani e cerca de sete mil fragmentos de peças indígenas. Atualmente, este material encontra-se em exibição no Museu de Antropologia do Vale do Paraíba.

Somente após a conclusão das pesquisas científicas e demais ações relacionadas à preservação do Patrimônio Arqueológico, foi solicitada ao IPHAN a liberação parcial da área em questão. Esta licença foi concedida em outubro de 1999.

Pouco depois, foram realizadas novamente pesquisas arqueológicas, dessa vez para averiguar a área destinada à quarta fase do loteamento, tendo recebido parecer favorável em agosto de 2001.